顕如上人の時代、元亀元年（西暦1570年）に始まった織田信長と石山本願寺（大阪）の 戦い（石山合戦）では、約11年のあいだ本願寺に従い、石山開城後も本願寺と共にありました。 天正十九年（西暦1591年）に現在の地に本願寺が建立されると、亀屋陸奥も御用達の 御供物司として本願寺の寺内に移りました。

後に、江戸時代万治(西暦1660年）の頃、豊臣秀吉が聚楽第の池に浮かべて興じたという 檜造りの大きな亀（写真下右）を公家の柳原家を通じて手に入れ、正徳五年（西暦1715年） には三条大納言より陸奥の大掾の御宣旨（写真下左）を賜り、以後、双方にちなんで 亀屋陸奥と名乗るようになりました。